无菌灌装机的结构因灌装办法不同而不一样，但其主要结构一般包括：供料设备、供瓶组织、托瓶升降组织、灌装阀等。
供料设备
1. 常压法供料设备
此法灌装系统较为简略，液体产品由高位槽或泵经输液管送进灌装机的贮液箱，贮液面一般由浮子式操控器坚持液位根本稳定， 但也有用电磁阀操控的，贮液箱内的流体通过灌装阀的开关进入待灌容器中。
2. 等压法供料设备
输液总管2与灌装机顶部的分流头9相连头下端均布有六根输液支管14与环形贮液箱12相通。在翻开输液总阀6之前，需先打上液压检查阀1以调整液料流速并判别其压力的高低，待压力调好后，才翻开总阀。无菌压缩空气管3分两路：一路为预充气管7， 它经分流头直接与环形贮液箱相通，其作用是在开机前对贮液箱充气产生一定的压力， 避免液料初人缸时因遽然降压而冒泡。当输液总阀6翻开后，则应关闭截止阀4。另一路为平衡气管8，它经分流头与接至高液面浮子13上的进气阀11相连，其作用为操控贮液箱内液位的高度上限。当气量减小，气压偏低而使液面太高时，高位浮泡即上升翻开进气阀，无菌压缩空气进人贮液箱，以弥补气压的不足，成果液位有所下降。反之，当气量增多，气压偏高而使液面太低时，低液面浮子16即翻开放气阀18， 使液位有所上升。这样贮液箱内的气压趋于稳定，液面根本稳定在视镜17的中部。截止阀5一直处于被翻开方位